基隆院區

基隆院區位於基隆市安樂區麥金路222號，成立於1985年4月5日。另有情人湖院區位於基隆市情人湖附近，成立於2006年12月4日。

台北院區

台北院區位於台北市敦化北路199號，臺北市松山區敦化北路台塑大樓旁邊，成立於一九七六年十二月一日。為長庚醫療體系最早的出發點。

林口總院位於桃園縣龜山鄉復興街五號，成立於1978年12月1日。現有醫學大樓、復健大樓、病理大樓、兒童大樓及教育大樓，為國內規模最大的醫療機構。

桃園院區位於桃園縣龜山鄉舊路村頂湖路123號，桃園縣龜山鄉頂湖路「工四工業區」附近，成立於2003年12月15日。桃園院區開設，同時設立長青院區。

長庚養生文化村位於桃園縣龜山鄉舊路村四鄰長青路2號，成立於2005年1月12日。為王永慶創辦人打造的優質銀髮社區。

嘉義院區位於嘉義縣朴子市嘉朴路西段 6 號，成立於2002年1月16日。於嘉義縣朴子市與太保市交界處，鄰近嘉義縣政府與台灣高鐵嘉義站。

高雄院區位於高雄市鳥松區大埤路123號，成立於1986年1月1日。位於高雄市鳥松區澄清湖及正修科技大學附近，緊鄰永慶紀念公園。

廈門分院位於廈門市海滄區霞飛路123號，成立於2008年5月16日。為台塑集團在大陸第一家醫院，地處馬鑾灣南岸、海滄新陽工業區北面。