創新手術
2020年 神經外科團隊完成台灣首例、全球第三位聾啞人士清醒開顱手術。
2019年 成功完成全國首例孕期換肝且順產之案例，也是全球第三例成功病例。
2017年 眼科部整合各次專科醫師、開刀房及門診技術人力，成立「人工電子眼與視覺研究團隊」，成功完成亞洲首例人工電子眼裝置手術。
2017年 成功完成台灣首例雙臂移植，也是全球第十二例四肢截肢接受雙臂移植病例。
2014年 郭耀仁教授帶領整形外科團隊，完成台灣首例手臂移植手術。
2012年 婦產部李奇龍教授率內視鏡團隊蘇軒醫師、吳凱筠醫師等人利用自然孔道進行卵巢子宮切除手術，使內視鏡手術成為無體表傷痕之微創治療。此世界首創之研究發表於美國期刊JMIG。
2012年 整形外科鄭明輝教授，將顯微淋巴結皮瓣移植至下肢淋巴水腫患者足背，改善下肢淋巴水腫。此創新手術刊登於2012年7月Gynecologic Oncology期刊。
2011年 乳房重建團隊首創獨步全球技術，將腹部三分之二皮瓣用於乳房重建側，三分之一腹部皮瓣用於健側隆乳手術，以自體皮瓣隆乳，改善病人對於義乳異物感的不適及疑慮。並發表於2011年12月國際整形外科權威期刊「Plastic Reconstructive Surgery（整形與重建手術）」，同時榮登期刊封面。
2004年 完成第二百例活體肝臟移植手術。所有捐肝者皆康復，回到原工作崗位；二百例受肝者一年存活率 97.3 %，五年存活率 93.4 %，是當時全球最高的存活率。
2003年 整形外科完成跨國醫療，非洲阿福Vincent由布吉納法索來台接受神經纖維瘤治療。
2003年 台灣首例以「非親屬臍帶血」技術，成功治療重度海洋性貧血，始病童免受衍生臟器病變及內分泌異常。
2002年 完成台灣首例活體雙肝移植，係全球第三個完成活體雙肝移植的醫院。。
2001年 完成全球首例孕婦捐肝活體肝臟移植手術，五個月後孕婦順利產子。
2000年 眼科蔡瑞芳主任與長庚大學陳君侃教授等，以羊膜體外培養眼睛輪廓幹細胞，並應用於角膜受傷病患之重建手術，論文發表於新英格蘭雜誌。
1999年 與香港大學完成亞洲首例國際合作分割肝臟移植手術。
1999年 完成台灣首例成人活體肝臟移植手術。
1998年 顱顏團隊為越南顱顏重度畸形兒「阿福」完成顱顏重建手術。
1997年 完成全球首例未輸血活體肝臟移植手術。
1997年 完成全球首例未輸血活體肝臟移植手術。
1997年 完成亞洲首例一肝兩受的分割肝臟移植手術。
1995年 林萍章醫師完成世界首例以內視鏡施行「心臟內部之開心手術」。
1994年 完成台灣首例活體肝臟移植手術。
1991年 張昭雄醫師完成本院首例「心臟移植手術」，由於多人同時捐贈器官，林口、基隆、高雄三院區同步進行器官移植手術。
1991年 宋永魁醫師、李奇龍醫師、劉宗元醫師共同完成國內首例「腹腔鏡子宮全切除手術」，開創台灣微創手術之先河。
1985年 黃俊生教授完成亞洲首例「人工電子耳植入手術」。
1984年 陳肇隆教授完成亞洲首例成功的「人肝臟移植手術」。
1980年 張昭雄教授與吳德朗教授完成台灣首次心臟表面電位圖描繪，奠定心律不整手術基礎。
創新研究
2018年 皮膚科張學倫醫師及其研究團隊研究發現，靜脈曲張絕不僅是外觀和症狀的問題，而是有很高的可能性會有嚴重併發症！這項研究結果榮登於「JAMA（美國醫學會期刊）」。
2018年 腎臟科陳國書醫師及夢靈主任團隊的研究論文Academic outcomes of flipped classroom learning: a meta‐analysis刊登於Medical Education期刊。
2016年 楊皇煜醫師及約翰霍普金斯研究團隊解開免疫調節之鑰，榮登免疫原創性期刊排名第一的「Immunity」。
2015年 風濕免疫科郭昶甫醫師及其研究團隊，使用英國一般診療資料庫進行在診斷後痛風病患符合降尿酸藥物使用條件及被給予藥物的時間性的研究，榮登「JAMA （美國醫學會期刊）」。
2014年 皮膚科鐘文宏醫師及其研究團隊，以研究 Phenytoin 藥物過敏基因之謎，研究成果刊登於知名期刊-美國醫學會期刊（JAMA）。
2012年 為亞洲唯一與Eli Lilly合作研發製造人體使用AV-45(阿茲海默症)和AV-133(巴金森氏症)PET標靶藥物之醫院。
2007年 兒童內科邱政洵主任及其研究團隊參與「國際陰道鞭毛蟲基因體定序計劃」，其研究論文並刊登於2007年1月「科學」雜誌。
2010年 腦神經外科魏國珍主任清醒開顱術的成果刊登於權威的《美國國家科學院院刊》，該院刊以專文推崇為「研究腦瘤治療的重要里程碑」。
2004年 感染科黃景泰醫師以「分析LAG-3對調節型T細胞功能影響」，登上2004年5月Nature Immunology期刊。
2004年 皮膚科鐘文宏主任以「抗癲癇藥物引發致命不良反應－史帝文生強生症候群之基因標記」，登上Nature 2004年4月號期刊。
2003年 腎臟科林杰樑教授等人，首度發現日常生活環境低濃度鉛暴露會造成慢性病腎臟病患的腎功能惡化，並首創以鉛解毒劑治療，證實可長期改善腎功能發表於新英格蘭雜誌，並選為當期首篇論文。
2002年 兒童內科邱正洵主任發現霍亂沙門氏菌對塞普洛抗藥性的崛起及其抗藥機制，發表於新英格蘭雜誌。