Ưu điểm.
Phương pháp siêu âm truyền thống có những ưu điểm như an toàn không sử dụng phóng xạ, tiện lợi và giá cả phải chăng..v.v.. Phương thức kiểm tra là đưa đầu dò siêu âm để ở trên bề mặt bộ phận cơ thể cần kiểm tra (ví dụ như vùng bụng), thông qua một chất gel (jelly) bôi trên bề mặt bụng, để có thể kiểm tra được các cơ quan (như gan, lá lách, thận). Tuy nhiên, đối với việc siêu âm các cơ quan rỗng ở bên trong như dạ dày, tá tràng, và các cơ quan ở bụng (như tuyến tụy), các sóng âm khi xuyên qua các bộ phận này thường không khắc phục được tình trạng sóng âm bị yếu do các tế bào mô cản trở, và cũng không thể giảm thiểu được sự nhiễu sóng gây nên bởi các luồng khí trong cơ thể, do đó kết quả siêu âm thường không lý tưởng. Siêu âm nội soi là sự kết hợp giữa nội soi và siêu âm thăm dò (với đầu dò siêu âm được gắn lên trên ống nội soi), đầu dò siêu âm sẽ được đưa sâu vào bên trong cơ thể thông qua ống nội soi, nhằm tiến hành siêu âm ở sát nhất với khu vực cần kiểm tra. Việc này không chỉ giúp giảm thiểu sự nhiễu sóng do các luồng khí trong ruột, mà còn có thể sử dụng đầu dò với tần số cao hơn, để cải thiện độ phân giải của hình ảnh, giúp cho việc nội soi siêu âm các lớp của thành dạ dày càng rõ ràng hơn, nhờ đó mà phát hiện ra được các tổn thương bị ẩn giấu.
Cho đến nay rất nhiều tài liệu nghiên cứu đều chứng thực rằng phương pháp EUS đều tốt hơn các xét nghiệm hình ảnh khác trong việc định vị khối u trong thành dạ dày cũng như xác định các giai đoạn của ung thư. Các nội soi thông thường có thể giúp quan sát rõ dạ dày, những thay đổi trong niêm mạc tá tràng, tuy nhiên những tổn thương ở dưới niêm mạc hay bên ngoài thành các cơ quan thì lại rất khó để biết. Chụp CT cắt lớp cũng là phương pháp kiểm tra rất tốt và rất chính xác, tuy nhiên giá thành cao, việc dị ứng với chất cản quang, nguy cơ nhiễm độc thận và phơi nhiễm phóng xạ lại là những khuyết điểm của phương pháp này. Hiện nay, thông qua việc sử dụng kỹ thuật siêu âm nội soi, có thể dễ dàng hoàn thành các kiểm tra tổn thương ở dạ dày, niêm mạc tá tràng, tầng dưới niêm mạc hay khu vực bên ngoài thành các cơ quan.